国家医保局发布《2020年医疗保障事业发展统计快报》（以下简称快报），《快报》对于医保参保情况、医保扶贫、跨省异地就医直接结算、医保支付改革等进行了披露。
其中，值得注意的是，《快报》中提到，为全力做好疫情防控工作，各地医保部门向新冠肺炎患者定点收治机构预拨专项资金194亿元，全年累计结算新冠肺炎患者医疗费用28.4亿元，其中，医保基金支付16.3亿元。
根据国家卫健委数据，中国累计新冠肺炎确诊病例87071例，以此粗略推算，每一个新冠肺炎患者的治疗大约需要医疗费用3.25万元。
事实上，这并不是国际医保局第一次披露新冠肺炎医保支付治疗费用，早在去年3月中旬，国家医保局方面表示，截至2020年3月15日，31个省（区、市）和新疆生产建设兵团报告，全国新冠肺炎确诊和疑似患者发生医保结算93238人次，涉及总费用103960万元，医保系统共支付67734万元。全国确诊患者结算人数为44189人，涉及总费用75248万元，人均费用1.7万元，其中医保支付比例约为65%。
不过，该人均支出数据是不断变化的，是一个动态的数据，到了2020年4月初，据国家医保局医药服务管理司司长熊先军当时在接受媒体采访时透露，截至2020年4月6日，全国31个省（区、市）和兵团新冠确诊和疑似患者的医保结算，涉及总费用约14.86亿元，医保支付9.9亿元，总体支付比例为66.6%。其中确诊住院患者结算51983人，涉及总费用11.18亿元，医保支付7.46亿元，支付比例66.7%。疑似患者结算涉及总费用3.68亿元，医保支付2.45亿元，支付比例66.6%，确诊住院患者人均医疗费用已经达到2.15万元。
彼时，熊先军还表示，当时全国4万多名外地医务人员带着设备器材驰援湖北，为患者提供了超常规的医疗和护理服务，这些成本很难充分体现在上述费用中。如果考虑这些，费用水平实则更高。此外，当时重症患者人均治疗费用超过15万元，少数危重症患者治疗费用达到几十万元，甚至超过百万元，医保均按规定予以报销。
在面对新冠疫情的防控和治疗中，医保基金发挥了绝对的重要作用，除了患者的医疗费用，核酸检测费用也被纳入了大部分省市医保，与此同时，疫苗接种费用也由医保和财政共同负担。
由于我国人口基数庞大，新冠疫苗接种费用由国家全权兜底的话，还曾引发了公众对于医保基金是否够用的讨论。
国家卫健委副主任曾益新曾表示：新冠疫苗接种率至少要达到60%甚至70%，才能建立全民保护。如果按照60%的接种率，这意味着需要接种的人数至少在8.5亿以上，按照现在多地公布的新冠疫苗采购价格200元一支计（两针剂，共需400元），总的采购支出将超过3360亿元，若按照全民接种14亿计，疫苗采购总支出费用将需要5600亿。这对于任何一个国家政府而言，都是一笔不小的开支。
目前，财政部等相关部门还未出台具体的方案，而医保基金方面，《快报》披露了2020年度医保基金收支情况，数据显示，全年基本医疗保险基金（含生育保险）总收入、总支出分别为24638.61亿元、20949.26亿元，年末基本医疗保险（含生育保险）累计结存31373.38亿元，相较于2019年2.7697万亿元的累计结余，医保基金新增了约3600亿元，这也意味着新冠疫苗接种将消耗掉其中一大部分费用，不过，对于医保基金与财政费用如何分配负担，目前还未有更多细化方案出台。